在忍者百分百手游中，有数十个精彩的副本系统，我们大致将其分为普通副本及精英副本，在完成副本后系统会掉落宝箱，玩家可以利用宝箱的招募令进行酒馆招募!
【普通副本】
1、分为三种不同的据点，木质据点难度最低，只有一波敌人需要挑战。
2、银质据点难度稍高，敌人较多。金质据点一般都为关底Boss，具有更高难度。
【精英副本】
1、在精英副本中，普通副本里出现的精英将会全部卷土重来，敌人数量不仅会更多，而且难度也会更高，极具挑战性。
2、当然通关后奖励回报也足够诱人!游戏中的主要装备都通过精英副本来掉落。
【副本宝箱】
1、每当通关一种难度后，可以在当前关卡获得一颗星，当星数达到所需要的数量后，可以在当前的副本宝箱中领取宝箱奖励。
2、宝箱奖励中拥有游戏中的珍贵道具招募令，可用于一次酒馆特殊招募。
