新系统   　　??探索之石 　　?- 在游戏途中对探索之石进行调查的话，就会帮助你回顾剧情以及关键点，让无措的玩家重新找到方向。 　　- 探索之石在林克家边上的时之神殿中。 　　- 在N64版中没有探索之石。??   　　里塞尔达 　　?- 里塞尔达是一个与塞尔达正篇完全镜面反转的世界，只有将游戏通关之后才能开启。 　　- 在里塞尔达中，迷宫中的谜题和宝箱的位置会发生改变，并且房间里面的怪物也会增加，而且怪物造成的伤害是正篇里面的两倍，里塞尔达的难度将会更高。 　　- 正式名称为《塞尔达传说 时之笛 3D里》，原本是《塞尔达传说 风之杖》预约特典的同捆内容，此次《塞尔达传说 时之笛 3D里》基本没有变化，唯一的不同是敌人的伤害加倍。??   　　BOSS挑战 　　- 在林克成年时代，森之神殿通关之后可以回到过去和曾经战斗过的BOSS再度开战，将它打败之后系统会记录你的战斗时间。   　　??操作??   　　视角 　　- 使用3DS内置的陀螺仪，来转换林克的视角 　　- 使用弓箭等道具的时候就会切换成林克的主视角，能够加强玩家爱的临场感，难度变得更高。   　　??3DS下屏画面 　　- 在3DS的下屏画面，可以进行装备变更 　　- 地图确认·道具装备·笛子曲目确认，操作更加方便。 　　- 在N64版本中，需要进入菜单画面选择地图显示，才能看到地图，在3DS版本中，可以直接在下面画查看。 　　- 可以直接按点触下屏幕使用道具?·通过下屏幕的点触按键I&II和XY进行组合可以使用4个种类的道具，B键固定是剑的按键。 　　- 可以通过下屏幕进行笛子的演奏，效果更加直观。   　　??冒险??   　　迷宫 　　?- N64版中炎之神殿的BGM在重制版中移除 　　- 水之神殿房间5的银色机关位置改变，难度降低，N64版中一定要使用回旋斩的铁格子机关，在3DS版中不需要特定回旋斩。并且去除了时间限制。 　　- 暗之神殿房间14，隐藏着的针刺在N64版本中碰触就会失血，在3DS版本中不会少血了，长时间碰触的话会少量失血。 　　- 暗之神殿冥土渡船沉默的时候，需要立即转移到陆地上，N64版中的沉默提醒在3DS中删除。   　　??街 　　?- 炎之神殿通过之后和组长对话葛隆的商店门就会打开，在N64版本中需要对话两次，3DS版只需要对话一次。   　　??野外 　　- 盖尔特族的模型进行改变   　　??道具 　　- N64版中对应震动包的震动石去除??   　　怪物 　　- アイアンナック的攻击在林克小时候用盾牌防御不住。 　　- ガノン的攻击在林克成年的时候用盾牌防不住。??   　　BUG